Nuke用のディープコンポ用プラグイン「DeepC」が公開されています。現在10個の独立したプラグインで構成されており、すべてNukeの内蔵ツールよりもディープコンポジットプロセスをより細かく制御できるように設計されています。
大規模なスタジオでは似たツールがあると思うけど、DeepCはオープンソースプロジェクトで、中小規模のスタジオでも利用できるとのこと。
https://github.com/charlesangus/DeepC
Examples
Base Image
DeepCPMatte and DeepCGrade
Flat Masks and DeepCGrade
DeepCPNoise and DeepCPMatte